En 1907, l’industriel Émile Laborie entreprend la construction d’une ligne de chemin de fer à voie étroite entre Besançon et Amathay-Vesigneux. La pose d’une voie métrique est retenue. Elle permet un bon compromis entre l’investissement financier et les capacités d’exploitation.

La règle des « trois-quinze » prévaut alors : locomotive de 15 tonnes, rail de 15 kg au mètre et vitesse de 15 km / heure ! D’importants travaux de terrassement et de remblaiement mobilisent de la main-d’oeuvre pendant trois ans. On construit également quelques ouvrages d’art (parapets, tunnels et viaducs) de très belle facture (à Cléron notamment).

La ligne est mise en service le 1er septembre 1910. 12 gares et 6 haltes jalonnent un parcours total de 47 km. Après Cléron, la voie étroite emprunte une montée pentue vers Amondans. Cette partie du trajet est éprouvante pour les moteurs des locomotives puisqu’elle affiche un dénivelé de 110 m sur moins de 3 kilomètres. La fumée évacuée par la cheminée de la machinerie avance parfois plus vite que la locomotive ne monte…

Il faut environ 2h45 pour relier Besançon à Amathay. Ces délais ne sont toutefois qu’indicatifs car le tacot est poussif et sujet aux aléas du terrain qu’il traverse ainsi qu’à la météo, ce qui ne l’empêche nullement de rouler malgré de grandes quantités de neige. Le terminus d’Amathay est un point névralgique pour la ligne. On y trouve une gare et sa halle à marchandises, une remise, un château d’eau avec sa grue ainsi qu’une plaque tournante permettant la manoeuvre des convois. À ces équipements, s’ajoutent 3 voies d’évitement et une voie de garage. La gare (habitée de nos jours) était un important point de chargement de bois malgré son isolement.

La fréquence des trains permet d’effectuer jusqu’à deux trajets aller-retour quotidiens. Les ruraux peuvent ainsi se rendre en ville pour consulter le médecin, le notaire, acheter des biens introuvables dans les villages ou effectuer des démarches administratives. Les marchandises de producteurs et artisans locaux circulent plus vite et plus loin. C’est une vraie révolution ! Les trains de l’époque sont souvent mixtes. Les locomotives tractent des wagons de marchandises (plats, couverts ou tombereaux) et des voitures pour voyageurs. Le confort y est spartiate : ces dernières sont équipées de sièges rembourrés en tissu pour les passagers de 1re classe (6 places) et des banquettes de 2e classe (30 places) aux et charbon de type Godin était installé en hiver dans les voitures. Le fonctionnement de ce chauffage était laissé au bon vouloir des voyageurs…

La Première Guerre ralentit considérablement l’évolution de la ligne. Le projet de prolongement de la ligne est reporté. La circulation des trains se réduit du fait d’un manque de personnel.

Après guerre, l’exploitation reprend mais les coûts liés au défaut d’entretien plombent l’expansion prévue. Le déficit atteint 231.000 francs en 1919 ! Pour pallier ce trou financier, le département le finance à hauteur de 95 % ! Cette année-là, le conseil général valide l’extension de ligne jusqu’à Levier. En 1930, la gare d’Amathay ne constitue donc plus le terminus de la ligne. Entreportes servira désormais de gare de correspondance. De là, on peut se diriger vers Levier d’un côté ou vers Pontarlier de l’autre.

Le tacot, déjà en diffi culté durant l’entredeux guerres, ne peut résister au développement fulgurant du réseau routier et de l’automobile. En septembre 1951, la fermeture de la ligne est décidée. Les voies sont retirées et les gares vendues ou abandonnées. Suivre son ancien tracé est toujours possible aujourd’hui, bien qu’en certains endroits, les vestiges de la voie ne soient guère praticables. Avec une durée de vie de 40 ans, la modeste voie ferrée d’intérêt local a permis le début du désenclavement de nos campagnes et a rendu la vie plus aisée à bien des ruraux pour qui la ville restait à l’autre bout du monde…

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