Ces investigations ont été motivées par la pose de conteneurs enterrés, destinés à recueillir les déchets. Le creusement de 40 m² nécessaire pour l’installation de quatre conteneurs a offert l’opportunité de mettre au jour des vestiges archéologiques relevant de la période moderne, du Moyen Âge mais aussi de l’Antiquité.
Une portion du cimetière paroissial de l’église Saint-Donat, édifiée en 1173 à côté de l’église Saint-Paul et démolie en 1778 a été découverte. Cet enchevêtrement de squelettes a laissé place à d’autres sépultures bien plus anciennes.
L’étude en laboratoire des squelettes déterminera si ces restes humains appartenaient aux moines qui occupaient le plus ancien établissement religieux de Besançon.
Sous ces vestiges médiévaux si rares à Besançon, sont également conservées des structures construites à l’Antiquité. Actuellement en cours de fouille, ces maçonneries apparentes correspondent sans doute à une imposante domus résidentielle édifiée au milieu du IIe siècle.